在《超迷你战士 第六季》的故事中，时间回溯到原始时代，原始部落正被各种烦恼所困扰，而这些烦恼其实是由负能量凝聚而成的“烦恼精灵”引发！智慧超群的女娃先知，凭借超过五百项发明，创造出充满正能量的“超迷你战士”——迷你勇与迷你萌，带领他们踏上以击败烦恼精灵为目标的史前大冒险。在旅程中，他们结识了强族先知和一位与众不同的原始人“阿焰”，也逐渐揭开烦恼精灵背后隐藏的巨大秘密。面对重重迷雾，先知与超迷你战士能否突破阻碍、寻得真相，彻底击溃烦恼势力，守护远古世界的和平？