在一个被距离和时间拉长的青春故事里，少年贵树与少女明里在飘落的樱花下许下纯真的约定。随着升学与转校，两人被迫分隔两地，只能依靠书信维系着微弱的情感纽带。当贵树终于踏上漫长的列车之旅前去相见，暴风雪却一次次延误着重逢的时刻。那些未曾说出口的思念，如同以秒速5厘米飘落的樱花，在岁月的流转中悄然堆积又无声消散。多年以后，他们在熟悉的铁道口擦肩而过，却被疾驰而过的列车隔开了视线。